Op 6 mei 2002, negen dagen voor de Tweede Kamerverkiezingen waar zijn Lijst Pim Fortuyn aan deelnam, werd hij op een parkeerterrein van het Audiocentrum op het Media Park in Hilversum vermoord door de links-extremist milieuactivist Volkert van der Graaf. De dader werd vrijwel direct na de moord gearresteerd. Hij werd later veroordeeld tot een gevangenisstraf van 18 jaar. De moord veroorzaakte veel ophef in binnen- en buitenland en maakte een discussie los over de vrijheid van meningsuiting. Er deden tevens verscheidene complottheorieën de ronde, waarover diverse boeken en documentaires zijn verschenen.
Fortuyn werd op 10 mei na een requiemmis in de kathedraal van Rotterdam onder massale belangstelling begraven op de begraafplaats Westerveld in zijn geboorteplaats Driehuis. Op 20 juli 2002 werden de stoffelijke resten van Fortuyn herbegraven in een praalgraf in Provesano in Italië, waar Fortuyn een vakantiewoning bezat. Bij de verkiezingen voor de Tweede Kamer op 15 mei 2002 stond Fortuyn nog op de stemlijst. Daarop werden 1.358.942 stemmen uitgebracht. De LPF behaalde 26 zetels. Niet eerder had een partij bij de eerste deelname aan verkiezingen zoveel zetels in de Tweede Kamer behaald. Het succes bleek kortstondig. In 2006 behaalde de LPF geen enkele zetel meer.
Dader van moord op Pim Fortuyn huppelt 23 jaar later nog lekker door park
De rechtbank veroordeelde Van der Graaf op 15 april 2003 tot 18 jaar gevangenisstraf. De inbreuk op het democratische proces was niet ernstig genoeg en de kans op herhaling te klein om een levenslange gevangenisstraf te rechtvaardigen, aldus de rechters. Bij dat laatste baseerde de rechtbank zich op het psychiatrisch rapport. Feiten die voor de rechtbank wel zwaar wogen waren de ‘brute wijze’ waarop de moord werd gepleegd en het feit dat de rechtsorde ernstig was geschokt.
Van der Graaf werd niet alleen veroordeeld voor moord, maar ook voor verboden wapenbezit (van het moordwapen) en voor het bedreigen van Hans Smolders, de chauffeur van Fortuyn, die hem na de aanslag achtervolgde. Toch kwam Van der Graaf na 12 jaar weer vrij. In 2014 kwam hij voorwaardelijk vrij en sinds 2020 is hij zelfs vrij van controle, meldplicht of beperkingen. Gisteren werd Van der Graaf dan ook huppelend door een park in Apeldoorn gespot, een nogal bizarre gewaarwording op zo’n zwarte dag: